2か月前、外務省欧州第一局長の棚橋（窪園純一）が、都内の公園で刺殺される事件が発生。事件の背景に国際問題が絡んでいる可能性があることから、警察は慎重に捜査を開始していた。そんな中、公園近くの中学校で教師をする田村紗季（志保）が、犯人らしき人物を目撃したと名乗り出る。
証言によると、目撃したのは棚橋と同じ外務省に勤める中嶋（松下哲）という男で、同僚らによると棚橋と中嶋は事あるごとに職務上で衝突していたらしい。検察は、これらの状況を加味して、被疑者否認のまま中嶋を起訴。裁判員裁判が行われることになった。中嶋を厳しく追及するのは、負け知らずの有罪率で、周囲から「100％の女」と評される検事の倉田映子（鶴田真由）。亘（反町隆史）が法務省時代に研修で一緒になり、現在は「勝てない事件は不起訴にして有罪率を高めている」との批判もある検察のあり方を変えようと取り組んでいる女性だった。しかし、裁判を傍聴していた亘は、紗季が目撃証言を微妙に変えていることに引っ掛かる。亘から話を聞いた右京（水谷豊）が捜査に乗り出すと、次席検事のポストが目前といわれる映子が、有罪率100％を維持するために紗季に証言の修正を依頼したのではないかという疑惑が浮上。右京と亘が映子に直接その疑惑をぶつけると、彼女は亘の元上司である法務省事務次官の日下部（榎木孝明）を通じて圧力をかけてきた。日下部は亘に、もし棚橋の殺害に国際情勢が絡んできた場合、これ以上事件にかかわると、特命係の存続自体が危ぶまれるというが…!?

“100％の女”に向けられた疑惑の真相は…!?
そして法務省時代の上司である日下部の指示で亘がとった意外な行動とは!?
警察vs検察となった殺人事件に、特命係存続を懸けた右京の推理が冴える!!